2016-2017 Sezonu Spor Toto 2 ve 3. Lig fikstürleri TFF'nin Beykoz Riva'da yer alan idari merkezindeki Orhan Saka Salonu'nda çekildi. Kura çekimine TFF Yönetim Kurulu ve İcra Kurulu Üyesi Ali Düşmez, Sponsorluklar ve Pazarlama'dan Sorumlu Yönetim Kurulu Üyesi Mustafa Çağlar, Genel Sekreter Kadir Kardaş, Genel Sekreter Yardımcısı Özcan Şepik, Maç Planlama Müdürü Besim Yalçın ile kulüp temsilcileri katıldı.
2016-2017 sezonunda Spor Toto 2. Lig; Beyaz ve Kırmızı Grup olarak iki gruba ayrıldı. İki grupta da 18 takım yer alıyor. Spor Toto 3. Lig'de ise müsabakalar 3 grupta oynanacak. Lig 1. Grup'ta 19, 2 ve 3. gruplarda ise 18 takımdan oluşuyor. Spor Toto 2 ve 3. Lig'de sezon 3 Eylül 2016 tarihinde oynanacak maçlarla başlayacak. İlk yarı 18 Aralık 2016 tarihindeki müsabakalarla son bulurken 2. Devre 15 Ocak 2017 tarihinde start alacak. İki ligde de sezon 30 Nisan 2017 tarihindeki karşılaşmalarla son bulacak.